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Manuel d'administration

Cette partie est réservée aux comptes ayant le droit d’administration sur l’application.

Création des plaques 96 puits

L’interface d’administration des plaques 96 puits permet de créer l’association plaques – produits de plusieurs manières.

Le premier champ date de création offre la possibilité d’entrer la date de création physique de la plaque. Il est initialisé avec la date du jour et est modifiable. Cette référence reste associée à la plaque, pour pouvoir effectuer un contrôle de pérennité de celle-ci.

Si vous êtes en numérotation automatique des piluliers, vous pouvez directement sélectionner une boîte avec ses 80 molécules à mettre en plaque avec la correspondance directe des numéros de position (A02, A03,…, H11) entre la boîte et la plaque.

Comme vous pouvez hiérarchiser les plaques : plaques grand-mère, x plaques mères, x plaques filles. Vous pouvez directement créer une plaque fille à partir d’une plaque mère en utilisant le champ Plaque Fille de la plaque N°. Elle aura la même disposition spatiale, ce sera la concentration qui va changer.

Le champ optionnel Nouveau lot d’appartenance permet de donner un numéro commun à un lot de plaques si l’on souhaite qu’elles ne soient pas dissociées pour les tests biologiques. Ce numéro de lot est exporté durant la création du fichier SDF utilisé pour le transfert de données vers la Chimiothèque Nationale.

Les champs Numéro de la plaque à usage interne et Numéro de la plaque à usage externe autorisent la saisie pour chaque plaque de son numéro identification. Le champ Numéro de la plaque à usage interne est le numéro exporté avec le fichier SDF vers la Chimiothèque Nationale. Le champ Numéro de la plaque à usage externe lui est réservé pour un usage vers d’autres structures que la CN. Ils ne sont pas automatiquement générés. Ils sont laissés à l’appréciation du chimiothécaire.

Le menu déroulant Solvant utilisé octroie la capacité de définir le solvant utilisé pour la mise en plaque. Il est initialisé avec le DMSO comme solvant par défaut. Les champs suivants permettent de renseigner le volume total du mélange par puits de la plaque.

Le menu déroulant Masse de produit par puits permet de définir si la masse de la substance dans le puits est basée sur une valeur moyenne ou exacte. Une fois cette sélection effectuée:

  • Si vous avez choisi Masse moyenne deux nouveaux champs s’affichent, un permettant de noter la concentration moyenne par puits et l’autre la masse de produit par puits en mg.
  • Si vous avez choisi Masse exacte dans la page suivante vous aurez la possibilité de saisir pour chaque puits la masse exacte de produit pesé.

Pour les deux sélections, vous avez la possibilité de défalquer directement du stockage des produits la masse du produit indiquée. Si la masse du produit tombe à zéro et que vous êtes en numérotation automatique, alors le numéro local va changer pour un numéro local sans masse.


Création d'une plaque à partir d'une boite ou d'une autre plaque (plaque mère) existante

Si vous avez choisi de créer une plaque à partir d’une boîte ou d’une plaque déjà existante, vous arrivez sur une deuxième page complètement renseignée avec pour chaque puits de la plaque la structure associée. La plaque est créée, vous arrivez sur une page qui sera informative dans ce cas. Elle est divisée en deux parties.

La partie du haut représente une plaque. En passant la souris sur chaque puits, vous obtenez les informations sur le propriétaire, l’équipe, le numéro et le nom IUPAC de la structure.

Dans la partie basse, vous avez l’intégralité des molécules en 2D constituant la plaque (vous pouvez cliquer sur chacune d’elles pour l’agrandir). Vous pouvez retrouver la plaque ainsi créée avec toutes les informations dans l’onglet gestion.


Création d'une plaque en définissant chaque puits

Si vous n’avez pas choisi de créer une plaque à partir d’une boîte ou d’une autre plaque alors vous avez un formulaire vous permettant d’associer pour chaque puits un produit. Pour effectuer cela vous avez trois possibilités :

  • première partie du formulaire : vous cliquez sur chaque puits de la plaque et vous lui associez un produit.
  • deuxième partie du formulaire : vous utilisez un fichier du type CSV que vous téléchargez.
  • méthode mixte, par l’insertion d’un fichier CSV partiel, puis vous complétez puits par puits.


Création puits par puits

En cliquant sur un puits, vous pouvez choisir la structure à associer. Pour ce faire, vous choisissez l’équipe d’appartenance, le propriétaire et enfin le numéro de la molécule. Une fois ces étapes renseignées, la structure apparaît. Si vous avez sélectionné masse exacte dans la première page, un champ Masse de ce produit dans le puits apparaît où vous devez renseigner la masse du produit pour ce puits.

Une fois la molécule sélectionnée, vous cliquez sur le bouton Sauvegarde afin de sauvegarder les données, ensuite vous pouvez passer au puits suivant.

A partir de ce moment, la deuxième partie du formulaire permettant de renseigner les données par l’intermédiaire d’un fichier CSV disparaît laissant la place à une représentation de la plaque 96 puits avec la structure dans le puits correspondant.

Ce qui veut dire que vous devrez utiliser cette méthode pour les 80 puits.


Création grâce à un fichier CSV

En utilisant un fichier de type CSV, il peut être généré à partir d’Excel ou d’un logiciel équivalent, vous pouvez insérer en totalité ou partiellement, la correspondance des produits avec les puits. Si vous êtes en masse exacte, vous pouvez également entrer celle-ci. Un fichier CSV est un fichier texte classique, mais avec les données formatées de la manière suivante dans ce cas :

  • Sans la masse : “numéro de position sur la plaque”;“numéro du produit ou numéro constant”[retour à la ligne]
  Voici un exemple de fichier simple sans masse exacte :
  
  "A02";"ICOA-ATT-L-02E09"
  "A03";"ICOA-SRR-L-02A05"
  "A04";"ICOA-SRR-L-04C10"
  "A05";"ICOA-FST-L-05E05"
  "A06";"ICOA-JCJ-L-01C09"
  • Avec la masse : “numéro de position sur la plaque”;“numéro du produit ou numéro constant”;“masse (0.00 ou 0,00) en mg”[retour à la ligne]
  Voici un exemple de fichier avec masse exacte en exprimée en mg :
  
  "A02";"ICOA-ATT-L-02E09";"1"
  "A03";"ICOA-SRR-L-02A05";"0.9"
  "A04";"ICOA-SRR-L-04C10";"1.1"
  "A05";"ICOA-FST-L-05E05";"1.2"
  "A06";"ICOA-JCJ-L-01C09";"1"

Pour la numérotation du produit, vous pouvez utiliser indifféremment le numéro constant à 8 chiffres généré par l’application ou le numéro défini. Par l’intermédiaire de la deuxième partie du formulaire, vous cliquez sur Parcourir pour pointer sur votre fichier CSV. Une fois celui-ci sélectionné, vous cliquez sur télécharger. La page est régénérée avec les données du fichier et vous obtenez l’ensemble de la plaque.


Méthode mixte

Vous pouvez insérer un fichier CSV ne contenant pas les 80 puits. Vous pouvez compléter les informations par la première méthode puits par puits.


Gestion des plaques 96 puits

En cliquant sur l’onglet Gestion, vous accédez à l’interface de gestion des plaques 96 puits que vous avez créés.

Cette interface vous permet d’avoir une vue d’ensemble de vos plaques créées et de visualiser l’ensemble de l’architecture qui lie les plaques : mères – filles – petites filles.

En passant la souris sur le numéro d’une plaque, vous pouvez voir les informations qui la concernent : solvant utilisé, le volume des puits de la plaque, masse du produit par puits, date de création. Pour les plaques filles, le volume prélevé dans la plaque mère.


Suivi des tests biologiques

Pour chaque plaque vous pouvez insérer les informations d’envoi en test biologique en cliquant sur le numéro de la plaque. Cela vous aide à avoir le suivi individualisé pour chacune d’elle. Une fois que vous avez cliqué sur le numéro de la plaque, vous arrivez sur un formulaire vous permettant, soit de sélectionner une référence de test biologique déjà répertorié, soit d’en créer une.

Si vous créez une nouvelle référence de test biologique, vous pourrez renseigner les éléments suivants : le nom de la cible, le protocole du test, la concentration en mol/L du test et le laboratoire effectuant le test.

Une fois que vous avez créé ou sélectionné votre référence de test biologique et validé le formulaire, la plaque est associée au test.

Pour chaque plaque, vous pouvez suivre le test associé avec la date d’envoi de la plaque et tous les détails du test biologique. Vous pouvez entrer plusieurs tests pour une plaque.

À partir de la vue générale des plaques, vous pouvez, en cliquant sur l’icône de la loupe, côté droit du numéro de la plaque, voir l’ensemble des produits qui la compose.

Rappel : la plaque de 96 puits est composée de 80 produits, car les deux colonnes extérieures (colonne 1 et 12) doivent rester libres pour effectuer les tests de référence.


Visualisation du contenu de la plaque

Vous pouvez :

  • soit imprimer la plaque.
  • soit télécharger au format SDF les informations de la plaque.

Un fichier SDF, est un type de fichier ayant une organisation bien définie et structurée.

C’est un fichier texte contenant dans notre cas les informations suivantes : les molécules au format mol, le numéro de la molécule, le numéro de position sur la plaque, la masse du produit en mg, la masse molaire exacte de la molécule et la concentration du produit dans le puits.

Chaque entrée est séparée par une ligne : $$$$, qui permet de délimiter un groupe d’informations correspondant à une molécule.

  • soit télécharger au format CSV.

Le format CSV est un format texte pouvant être simplement utilisé par l’application Excel ou d’autres tableurs, ou bases de données.

Le fichier texte se présente sous la forme suivante :

  number;position;mass mg;molecular weight g/mol;[] mol/L
  89603078;A2;3;204.035733578;0.01
  63952987;A3;3;198.100442324;0.01
  22659896;A4;3;285.084060302;0.01
  58792950;A5;3;177.078978601;0.01
  93135362;A6;3;239.094628665;0.01
  32209433;A7;3;282.121571696;0.01
  10102413;A8;3;179.058243159;0.01
  63805043;A9;3;212.131348522;0.01
  96225478;A10;3;170.040150254;0.01
  49595085;A11;3;317.949617011;0.01
  46417295;B2;3;261.082349419;0.01

Ce même fichier vu sous l’application Excel :


Modification d'une plaque

À partir de la page de gestion des plaques, cliquez sur l’icône en face de la plaque que vous désirez modifier. Vous arrivez alors sur la page de modification de votre plaque 96 puits.

Pour modifier un puits cliquez sur celui-ci sur la représentation de la plaque (Image 80). Sur la partie droite un ensemble de menus apparaît qui vous permet soit de modifier la structure associée au puits soit de supprimer et libérer le puits.

Le puits libre apparaîtra en rouge. Il pourra être laissé tel quel ou une autre substance pourra être mise à la place.


Suppression d'une plaque

À partir de la vue principale de la gestion des plaques vous pouvez supprimer une plaque en appuyant sur l’icône à côté de la plaque. Cette action n’est possible que si la plaque en question n’a pas de plaques filles affiliées à elle.


Résultats des tests biologiques

Cette section permet au chimiothécaire de gérer l’ensemble des résultats biologiques concernant ses molécules ou plaques.

Importation des résultats

En allant sur la section Résultats bio et sur importer, vous avez la possibilité d’insérer des résultats suite à un test biologique. Il vous faut tout d’abord créer une cible biologique ou la sélectionner si elle existe déjà.

Pour créer une nouvelle cible, vous devez utiliser la partie droite du formulaire en renseignant les champs suivants :

Puis cliquez sur sauvegarder.

Pour sélectionner une cible déjà renseignée, vous devez avoir recours à la partie gauche du formulaire et utiliser le menu déroulant. Une fois choisie, vous avez la possibilité de créer un nouveau protocole de test ou d’en sélectionner un déjà existant pour cette cible.

Une fois que vous avez sélectionné ou créé le test biologique, vous arrivez sur une page en 3 parties :

  • La première partie résume les informations sur la cible, vous pouvez tout à fait changer de cible par l’intermédiaire du menu déroulant ou alors changer de protocole.

  • Dans la deuxième partie du formulaire, vous pouvez apporter des renseignements supplémentaires, facultatifs par rapport au test. Vous pouvez renseigner la date de réception des résultats, le nom basique et/ou en nomenclature IUPAC, les résultats de la molécule de référence et l’unité des résultats.
  • Dans la troisième partie, vous pouvez charger le fichier de résultats sous la forme d’un fichier texte de type CSV (au format Windows). Il faut qu’il contienne le numéro local de la molécule et les résultats correspondants.

Rappel le fichier CSV est un fichier texte où chaque ligne représente une entrée. Chaque segment contient plusieurs informations séparées par un ; par exemple ici le numéro de référence et le résultat biologique :

  10102413;44.9
  58216832;30.1
  39246724;55.8

Lorsque vous avez renseigné et soumis le formulaire, vous arrivez sur une page vous permettant de trier les informations du fichier CSV. Chaque champ d’une ligne du fichier CSV est représenté avec un extrait des données. Vous devez par l’intermédiaire d’un menu déroulant sélectionner le type d’information présentée. Vous devez avoir au minimum le numéro de référence de la molécule et un résultat biologique.

Après avoir sélectionné chaque type d’information, cliquez sur Soumettre. Ainsi l’ensemble des résultats biologiques sera importé et associé au test et aux molécules.


Consultation des résultats

En allant sur la section Résultats bio et sur consulter, vous avez la possibilité de consulter l’ensemble des résultats biologiques entrés.

Pour ce faire, vous devez sélectionner, dans la première partie du formulaire, par l’intermédiaire du menu déroulant, la cible souhaitée. Sélectionnez le test biologique et le type de résultats biologiques que vous souhaitez consulter. La deuxième partie du formulaire met en relation les structures chimiques avec les résultats biologiques.

Grâce au menu Type d’information vous pouvez sélectionner l’affichage que d’un type de résultat : IC50, actif/inactif, %activité, %inhibition, EC50, autre résultat ou de l’ensemble des informations.

Vous pouvez effectuer un classement des informations par ordre croissant ou décroissant en cliquant sur l’icône correspondant.

La zone de commentaires permet d’annoter avec des informations spécifiques, les résultats pour une structure. Pour écrire cette annotation ou pour insérer un autre résultat ou effectuer une modification pour une molécule, vous pouvez cliquer sur l’icône . La page est modifiée pour laisser place à un formulaire, vous permettant d’insérer ou modifier les informations.

Pour valider votre modification des données biologiques pour cette structure et ce test biologique, cliquez sur le bouton Modifier en bout de ligne.

Si vous souhaitez télécharger l’ensemble des résultats biologiques sous forme de fichier SDF, cliquez sur le bouton en haut à droite des résultats.

Le fichier SDF contiendra la structure moléculaire, le numéro de référence de la structure et le type de résultat sélectionné par l’intermédiaire du menu déroulant Type d’information.


Importation de données dans L-G-Chimio

Grâce à la section Importation, vous pouvez intégrer des données comme la numérotation de la Chimiothèque Nationale, la tare de vos piluliers pour les produits en vrac, ou la liste des molécules envoyées chez Evotec.

Importation de la numérotation de la chimiothèque nationale

À partir d’un fichier de type CSV au format Windows, vous pouvez charger les numéros attribués par la Chimiothèque Nationale dans vos fiches de produit. Cela associe le numéro national (ex : CN053402V) à votre numérotation locale (soit la numérotation pilulier, soit la numérotation permanente à 8 chiffres).

Lorsque vous envoyez vos données sous forme de SDF à la Chimiothèque Nationale et une fois votre mise à jour intégrée au serveur Nationale, vous recevez un fichier texte contenant le numéro national et votre numéro local. À partir de celui-ci, vous créez un fichier CSV en ajoutant un ; entre les numéros et en supprimant la ligne ID LOCAL ID NATIONAL.

Pour charger le fichier, cliquez sur parcourir dans l’explorateur de fichier, cherchez votre fichier CSV et cliquez sur ouvrir. L’explorateur se ferme et le chemin du fichier apparaît dans le champ. Cliquez sur le bouton soumettre. Si des numéros n’ont pas été entrés par le système, une erreur vous est signalée.

Les anciennes données de numéros nationaux sont écrasées par une nouvelle entrée via un fichier CSV.


Importation de la tare des piluliers

À partir d’un fichier CSV, vous pouvez charger les tares pour vos piluliers de stockage des produits en vrac. Le fichier CSV doit contenir le numéro local (soit la numérotation pilulier, soit la numérotation permanente à 8 chiffres) et la tare en mg du pilulier vide et sans bouchon. La masse du pilulier peut être notée soit avec un point, soit avec une virgule, mais doit être exprimée en mg et l’unité ne doit pas être notée.

Pour charger le fichier, cliquez sur parcourir dans l’explorateur de fichier, cherchez votre fichier CSV et cliquez sur ouvrir. L’explorateur se ferme et le chemin du fichier apparaît dans le champ. Cliquez sur le bouton soumettre. Si des masses n’ont pas été entrées par le système, elles vous sont signalées en rouge (Image 90). Cela peut vouloir dire tout simplement que le pilulier n’est pas encore utilisé. Les tares ne sont entrées que pour les numéros déjà existants dans la base de données.

Les nouvelles données entrées via un CSV écrasent les anciennes tares.


Importation de la liste des molécules envoyées chez Evotec

Dans la section Tag Evotec, vous pouvez à partir d’un fichier CSV charger la liste des molécules que vous avez envoyées chez la Société Evotec. Cela permet de taguer les substances que vous avez déjà envoyées. Ce tague sera utilisé dans la section exportation pour donner l’information à la CN via le fichier SDF, soit pour vous, afin de faire le tri entre les molécules déjà envoyées ou non.

Ce fichier texte de type CSV doit avoir le numéro permanent de la substance envoyée et la masse en mg de produit (sans l’unité).

Si les références que vous essayez de rentrer n’existent pas alors, la liste de celles-ci est notée en rouge.


Importation de fichier SDF et RDF

Dans cette section vous avez la possibilité d'importer dans L-g Chimio des données à partir de fichiers SDF ou RDF.

Pour ce faire il vous suffit de sélectionner le fichier souhaité et de poursuivre les étapes jusqu’à être sur l’écran ci-dessous :

Vous aurez besoin de faire correspondre les champs présents dans votre fichier avec ceux qui son présent dans L-g Chimio.

Pour chaque champ du fichier il est affiché son nom ainsi que des extraits des valeurs, vous n'aurez qu'à sélectionner dans la liste qui se trouve en dessous, le champ qui correspond à cette information.

une fois le fichier traité entièrement, vous pouvez envoyer ces informations.

Les données seront envoyées vers la base et intégrées à L-g Chimio. Si le fichier comporte des erreurs, une liste des numéros d'identifiant de molécule sera affichée à l’écran, et un fichier de log au format CSV sera automatiquement téléchargé.


Exportation des données

Cette section est consacrée à l’exportation des données soit au format SDF soit au format CSV.

Exportation sélective & multicritère

Commencez par sélectionner le format du fichier souhaité (SDF ou CSV).
Puis vous aurez le choix de sélectionner les champs que vous voulez voir apparaître dans le fichier, si rien n'est coché, les champs exportés par défaut seront ceux nécessaires à la chimiothèque nationale.
Définissez vos critères en cochant vos choix.

Par mesure de sécurité, votre mot de passe est nécessaire pour effectuer l'exportation.

À ce stade vous avez la possibilité de télécharger le fichier ou d'afficher la liste des identifiez correspondant au critère.


Exportation au format CSV pour la pesée Evotec

Cette section vous sera utile pour créer un fichier au format CSV utilisable sous Excel pour effectuer la pesée de vos substances à envoyer chez Evotec.

Ce formulaire est en deux parties :

  • La première partie permet d’exporter une ou plusieurs boîtes directement au format CSV
  • La deuxième partie l’exportation est effectuée à partir d’une liste de numéros de substances.

Exportation à partir d'une ou plusieurs boites

Vous devez sélectionner une ou plusieurs boîtes dans la liste de gauche. Ensuite, vous avez plusieurs options que vous pouvez cocher pour l’exportation :

  • Ajouter les produits identiques comme alternative de pesée : cette option permet d’avoir pour une structure unique les différentes substances existantes dans votre chimiothèque. Cela permet, d’utiliser la substance qui est en quantité suffisante.

  • Enlever les produits déjà envoyés chez EVOTEC et les doublons de structure : grâce aux données entrées dans la section importation – Tag Evotec en cochant cette option cela élimine de l’exportation les structures déjà pesées et envoyées chez la société Evotec.
  • Mélanger les produits aléatoirement : cette option permet de faire un export, mais avec les produits dans un ordre aléatoire.

Exportation à partir d'une liste de produit

La deuxième partie du formulaire permet d’effectuer un export au format CSV à partir d’une liste de substance en utilisant soit le numéro unique à 8 chiffres soit le numéro local. Ensuite vous définissez le séparateur entre vos valeurs grâce au menu déroulant. Ensuite, vous cliquez sur Télécharger le fichier CSV.

Exemple :


réattribution des molécules

Pour réattribuer une molécule à un chimiste, deux choix s'offrent à vous.

  • soit par la page Attribution structures.
  • soit par le bouton Réattribuer la structure à un chimiste qui ce trouve en haut a droite de la page de Modifications.

La procédure est simple, vous avez juste à rentrer l'identifiant local du produit, puis à sélectionner les nouvelles informations concernant le chimiste (l’équipe, le responsable et le chimiste).

Cliquer sur le bouton pour enregistrer les modifications.


Contrôle de la pureté et de la structure

Pour définir le statut de vos contrôles, il vous est possible de choisir l'une des quatres étapes disponibles dans le formulaire de modification du produit.

manuel_administration.txt · Dernière modification: 2019/04/12 10:27 (modification externe)