Le logiciel fonctionne avec un environnement LAPP (Linux, Apache, PostgreSQL, PHP).

Fonctionne également sous Windows, mais cet environnement n'est pas recommandé pour l'utilisation en production et en toute sécurité d'Apache, PHP et de PostgresSQL.

Il est vivement recommandé d’utiliser cet environnement avec le cryptage SSL (https) et de mettre en place un firewall afin de filtrer les entrées sur votre serveur.

Dans ce tutoriel l'installation s’effectua sur un serveur CentOS 7.

Vous pouvez facilement installer Apache à partir du référentiel officiel avec la commande ci-dessous:

sudo yum install httpd

Après l'installation, exécutez les commandes suivantes pour démarrer votre service Apache et le faire fonctionner au démarrage:

sudo systemctl start httpd

sudo systemctl enable httpd

Commande pour installer le package de configuration du référentiel Remi :

sudo yum install http://rpms.remirepo.net/enterprise/remi-release-7.rpm

Commande pour installer php5.6 :

sudo yum install php56 php56-php-pgsql

Commande pour installer des paquets supplémentaires:

sudo yum install php56-php-xxx

Utilisez les commandes suivantes pour installer PostgreSQL :

sudo yum install http://mirror.centos.org/centos/7/os/x86_64/Packages/postgresql-server-9.2.24-1.el7_5.x86_64.rpm

sudo yum install http://mirror.centos.org/centos/7/os/x86_64/Packages/postgresql-libs-9.2.24-1.el7_5.x86_64.rpm

sudo yum install http://mirror.centos.org/centos/7/os/x86_64/Packages/postgresql-contrib-9.2.24-1.el7_5.x86_64.rpm

sudo yum install http://mirror.centos.org/centos/7/os/x86_64/Packages/postgresql-9.2.24-1Iel7_5.x86_64.rpm

Initialiser la base :

sudo postgresql-setup initdb

Méthode d’authentification de l’utilisateur de la base de données :

sudo vi /var/lib/pgsql/data/pg_hba.conf

Trouvez la section suivante :

  # IPv4 local connections:
  host    all             all             127.0.0.1/32           ident
  # IPv6 local connections:
  host    all             all             ::1/128                ident

Modifiez la méthode d'authentification des connexions locales IPv4 à md5:

  # IPv4 local connections:
  host    all             all             127.0.0.1/32            md5
  # IPv6 local connections:
  host    all             all             ::1/128                 md5

Sauvegarder et quitter:

  :wq

Configurez les adresses d’écoute PostgreSQL:

sudo vi /var/lib/pgsql/data/postgresql.conf

Trouver:

  #listen_addresses = 'localhost'

modifiez-le pour:

  listen_addresses = '*'

Trouver:

  #port = 5432

modifiez-le pour:

  port = 5432

Sauvegarder et quitter:

  :wq

Démarrer PostgreSQL :

sudo systemctl start postgresql

Lancement automatique au démarrage du serveur Centos :

sudo systemctl enable postgresql

Configurer les informations d'identification de l'utilisateur de la base de données:

Par défaut, le programme PostgreSQL va créer un utilisateur de base de données postgres. Cependant, pour des raisons de sécurité, vous devez créer un autre utilisateur de base de données pour la connexion à distance.

Il faut créer un utilisateur spécifique « ex : chimio_user » avec un mot de passe pour votre base de données chimiothèque. Celui-ci doit avoir des droits que sur cette base de données, et créez une base de données (exemple : chimiotheque) qui va contenir votre chimiothèque

sudo -u postgres psql

  CREATE USER chimio_user CREATEDB CREATEUSER ENCRYPTED PASSWORD 'mot_de_passe';
  CREATE DATABASE nom_de_votre_base_de_donnée OWNER chimio_user;
  GRANT ALL PRIVILEGES ON DATABASE nom_de_votre_base_de_donnée TO chimio_user;
  \q

Installez phpPgAdmin avec la commande suivante:

sudo yum install phpPgAdmin

Puis configurez phpPgAdmin comme accessible de l’extérieur:

sudo vi /etc/httpd/conf.d/phpPgAdmin.conf

Remplacer:

  Require local

avec:

  Require all granted

Remplacer:

  Deny from all

avec:

  Allow from all

Sauvegarder et quitter:

  :wq

Rechargez les services PostgreSQL et httpd:

sudo systemctl start postgresql-9.5.service

sudo systemctl reload httpd.service

Une fois votre serveur PostgreSQL 9.2 fonctionnel, vous devez ajouter l’outil Bingo que vous pouvez télécharger ici :

http://lifescience.opensource.epam.com/download/bingo.html

Une fois Bingo téléchargé et décompressé suivez le manuel d’installation en fonction de votre système d’exploitation :

http://lifescience.opensource.epam.com/bingo/installation-manual-postgres.html

Une fois que vous avez exécuté le fichier bingo-pg-install avec l’extension sh pour Linux ou bat pour Windows, associez les outils Bingo à la base de données créé plus tôt avec la commande SQL :

psql -U postgres -d nom_de_votre_base_de_donnée -f bingo_install.sql

Cette association est effectuée via le compte administrateur : postgres. Une fois cette association effectuée, vous devez changer les droits sur le schema Bingo ainsi créé. Pour cela utilisez les commandes si dessous dans votre base de données (ces commandes doivent être exécutées avec le compte administrateur) :

  grant usage on schema bingo to chimio_user;
  grant select on table bingo.bingo_config to chimio _user;
  grant select on table bingo.bingo_tau_config to chimio_user;

❗️ La version ici présente sur GitHub est en cours de développement ❗️

Une fois le fichier zip obtenu, procédez à sa décompression avec une application adéquate.

Placez le répertoire chimiotheque avec les fichiers décompressés dans le répertoire du serveur web Apache.

Sous Linux dans le répertoire /var/www/html/.

Une fois cette mise en place effectuée, rendre les sous répertoires temp et script accessibles en écriture :

• Sous Linux avec la commande chmod. exemple : chmod 777 /var/www/html/chimiotheque/temp
• Sous Windows, vérifiez que les répertoires ne sont pas bloqués. Cliquez avec le bouton droit de la souris sur le répertoire, puis sur propriétés.

connectez-vous via un navigateur web à votre serveur web : http://votre_serveur_web/chimiotheque/.

Vous allez arriver sur la page d’installation de L-g-Chimio.

Après avoir cliqué sur le bouton Première étape, vous arrivez sur la validation de la Licence CeCILL. Une fois acceptée, vous arrivez à la première étape de l’installation.

Celle-ci permet de définir et de vérifier les répertoires d’installation de l’application.

Si vous n’avez pas autorisé en écriture les répertoires script et temp, vous obtenez une croix rouge. Vous devez modifier les droits sur ces deux répertoires, pour cela reportez-vous à la section Téléchargez de L-g-Chimio.

Une fois ces vérifications effectuer vous pouvez en cliquant sur le bouton Etape suivante, passez à la suite de l’installation.

Cette étape permet de définir les paramètres d’accès au serveur PostgreSQL et le nom de la base de données.

Attention, pour que cela fonctionne, l’utilisateur PostgreSQL doit posséder un mot de passe. En effet, par sécurité, il est impératif que le compte utilisateur servant pour la connexion à la base de données PostgreSQL soit protégé. Les droits de ce compte doivent être au minimum : SELECT, INSERT, UPDATE, DELETE, CREATE, FILE, INDEX, ALTER.

Une fois les paramètres entrés, cliquez sur vérification.

Si vous obtenez des croix rouges alors le nom d’utilisateur et/ou le mot de passe sont erronés. Le champ Serveur PostgreSQL est par défaut renseigné avec localhost. Cela signifie que le serveur PostgreSQL est sur la même machine que le serveur web Apache. Si le serveur PostgreSQL n’est pas sur la même machine alors renseignez dans le champ Serveur PostgreSQL l’adresse IP de celle-ci.

Si après la vérification vous avez des croix rouge alors les données renseignées sont erronées. Vous aurez également un message d’erreur serveur, juste au-dessus du champ serveur Postgresql.

Si après vérification les paramètres de la connexion à PostgreSQL sont bons, alors pouvez cliquer sur Etape suivante.

Cette étape est celle de la création de la base de données avec l’ensemble des tables, si tout se passe bien vous pouvez passer à l'étape suivante.

S’il y a un problème durant la création des tables alors vous obtenez un retour des erreurs en rouge.

Cette étape permet de créer les fichiers administrateur.php et connectionb.php.

Ils contiennent respectivement les répertoires de l’installation et les paramètres de la connexion à la base de données. Si les fichiers sont créés, vous obtenez l’écran suivant. Vous pouvez trouver ces fichiers dans le sous-répertoire script de votre environnement L-g-Chimio.

Si les fichiers ne sont pas créés, alors vous obtenez une erreur. Vous devez vérifier les droits d’accès au sous-répertoire script, qui doit être autorisé en écriture (voir section Téléchargez de L-g-Chimio).

Cette étape permet de sécuriser le sous-répertoire script qui contient les paramètres de l’application.

Celui-ci est ouvert en écriture suite aux étapes précédentes. Pour la création des fichiers, ce répertoire doit maintenant être verrouillé en lecture seulement. S’il n’est pas verrouillé, vous obtenez une croix rouge.

Pour verrouiller le répertoire script sous linux utilisez la commande chmod.

Exemple : chmod 555 /var/www/html/chimiotheque/script

Cette étape permet de définir les paramètres du laboratoire qui seront affichés pour la personnalisation.

Le fichier du logo ne doit pas excéder la taille de 19,53 Ko, il peut-être du type : jpg, gif ou png.

L’adresse courriel à renseigner est celle qui servira pour l’envoi par l’application, des courriels automatiques. Exemple d’adresse : intranet.icoa@univ-orleans.fr

Cette étape finale permet de définir le compte du chimiothécaire (administrateur). Vous devez remplir tous les champs pour créer ce compte.

Si vous avez une erreur dans la confirmation du mot de passe, le champ est cerclé d’une ligne rouge.

Votre installation est désormais finalisée.

Vous devez désormais supprimer le répertoire install sur le serveur web. Maintenant, vous pouvez vous connecter normalement sur votre application : http://mon_site_web/chimiotheque/.